Die B-Side besteht aus drei Körperschaften: dem B-Side Kultur e.V. (Kulturverein), dem B-Side Haus e.V. (Hausverein) und der B-Side GmbH. Der Hausverein ist Träger der B-Side GmbH. Der Kulturverein ist den anderen beiden Körperschaften rechtlich nicht verbunden.

Eingebettet in die Trägerschaftsstruktur der B-Side ist eine Kreisstruktur nach soziokratischen Organisationsprinzipien. Sie regelt, wie im B-Side Kollektiv Entscheidungen getroffen werden. Jeder Arbeitskreis der B-Side ist dabei einer der drei Körperschaften zugeordnet. Mitgliederversammlungen, Vorstandssitzungen, Geschäftsführung oder Gesellschafterversammlungen sind nach der soziokratischen Logik schlicht Arbeitskreise, in denen sich Vereinsmitglieder oder gewählte Vertreter:innen der Körperschaften organisieren. Dabei ist die Mitgliedschaft in einem der Vereine aber keine Voraussetzung, um bei der B-Side mitmachen und mit entscheiden zu können.

Der gemeinnützige Kulturverein verwirklicht durch seine Tätigkeiten die Satzungszwecke der Förderung der Kunst, Kultur und Bildung. Die Vereinsmitglieder und viele freiwillige Helfer*innen veranstalten in hauptsächlich ehrenamtlicher Arbeit neben dem großen B-Side Festival auch eine eigene Radio-Sendung im lokalen Bürgerfunk, Konzerte, Workshops, Podiumsdiskussionen, Vorträge, Ausstellungen und Theaterperformances.  

Im soziokulturellen Quartierszentrum B-Side wird der offene Kulturverein ein Hauptnutzer der öffentlichen Bereiche des Hauses. Er bespielt die Veranstaltungs-, Ausstellungs- und Begegnungsräume mit gemeinnützigem Programm rund um Kunst, Kultur und Bildung. Darüber hinaus veranstaltet er handwerkliche Bildungsworkshops in der Offenen Werkstatt.

Die GmbH wurde gegründet, um das soziokulturelle Quartierszentrum B-Side zu entwickeln und später zu betreiben. Sie ist mit der Stadt Münster einen Vertrag zur Nutzungsüberlassung des soziokulturellen Zentrums eingegangen. Ab Eröffnung übernimmt sie die Hausverwaltung und stellt die Infrastruktur der B-Side für gemeinnützige und gemeinwohlorientierte Nutzungen zur Verfügung. 

Seit ihrer Gründung ist die B-Side GmbH für die Projektentwicklung des alten Hill-Speichers zuständig. Im Rahmen des Städtebauförderprogramms „Initiative ergreifen“ entwickelt sie die Teile des historischen Hafengebäudes, die für soziokulturelle Zwecke saniert und umgebaut werden. Das geschieht in enger Kooperation mit der Wirtschaftsförderung Münster (WFM), die für die B-Side in einer Bauherrengemeinschaft mit dem Ruderverein Münster (RVM) das Bauvorhaben am Hafen voran treibt. Der Bauausschuss der B-Side bildet dabei die Schnittstelle zu Architekt*innen und Planer*innen, WFM und RVM. 

Neben Projektentwicklung und Hausverwaltung ist die B-Side GmbH auch Trägerin von Projekten der gemeinwohlorientierten Quartiersentwicklung. Seit mehreren Jahren führte sie das mit Bundesmitteln geförderte Bürger*innenbeteiligungsformat Hansaforum im umliegenden Hansaviertel durch.

Der Hausverein ist alleiniger Gesellschafter der B-Side GmbH. Er wurde ursprünglich nach dem Modell des Mietshäusersyndikats gegründet. Als Träger und Gründer der B-Side GmbH hatte er vor allem die Funktion, als Solidaritätszusammenschluss und Selbstverwaltungsorgan der Mieter*innen des Hauses zu dienen. Darüber hinaus ist in seiner Satzung festgehalten, dass er Kunst, Kultur und Bildung fördern und dafür seinen Einfluss als Gesellschafter der B-Side GmbH stets dahingehend einsetzt, dass die GmbH dem Kulturverein die für die Erfüllung seiner Aufgaben notwendigen Flächen zu wirtschaftlich möglichst günstigen Bedingungen zur Verfügung stellt.